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집단급식소(학교/기업)운영자(이하 운영자)가 자가품질검사 대상을 확인하여 자가품질위탁검사기관(이하 검사기관)에 위탁검사를 의뢰한다. 검사기관은 검사의뢰 접수를 받아 검사를 실시한다. 이 때에 검사기록서, 검사성적서를 작성하며 검사결과를 분석하여 부적합 여부를 판단한다. 부적합 결과 조치 시에 식약처, 시도 또는 시군구와 운영자에게 부적합 확인을 요청한다. 보적합 확인을 한 식약처 및 시도 시군구 기관에서는 운영자에 회수폐기 조치를 취한다. 이때에 정보시스템(식품행정통합시스템)에 부적합통보가 기록된다.